鄂托克旗学校布局经历了三次大的调整。前两次是１９９９年“两基”达标和２００４年“两基”复评验收的调整。２００６年随着鄂旗撤乡并镇、经济结构调整和农牧业人口向城镇转移步伐的加快，为使教育资源得到优化配置、合理使用，实现集中办学，规模发展，旗人民政府又制定出台了《鄂托克旗中小学布局调整规划２００６—２００８》，再次对学校布局进行了调整。撤消了原新召、包乐浩晓、查布、苏米图、额尔和图、察汉淖、阿尔巴斯、召稍、巴音淖尔、木肯淖地区的１０所学校，新建了棋盘井学校，将全旗学校总数调整为１８所，并主要集中在乌兰镇、棋盘井、木肯淖和蒙西镇等人口较为集中、经济较为发达的地区，基本实现了相对集中化、城镇化、规模化办学格局。经过两年的农村中小学布局结构调整，成效比较明显。一是通过出台教育人事制度改革和分流人员安置政策，改善学生住宿与生活条件等措施，大力度地实施了学校布局优化调整工程，从而优化了教师队伍，推进规模办学，提升教育发展水平，完善义务教育保障机制。二是在中小学布局结构调整工作中，从实际出发，探索、总结了一些成功的做法和经验。农村学校结构布局调整工作与撤乡并镇、“两基”巩固提高、薄弱学校改造、移民搬迁、小城镇建设、理顺民族学校管理体制相结合，布局结构调整效果明显，也收到了实效。２００６年１１月１０日，全市教师培训机构建设暨学校布局调整工现场会在鄂旗成功召开，鄂旗在学校布局调整、教师培训机构建设方面取得的成功经验，得到了上级主管部门及与会者的充分肯定和高度评价。
    ２００８年，鄂托克旗又制定了《鄂托克旗２００９—２０１５年中小学布局调整规划》，到２０１２年前，撤销公其日嘎小学、碱柜小学和碱柜中学３所中小学，在乌兰镇地区新建１所职业中学和１所小学，在每个苏木镇办好１所标准化幼儿园；使小学初中集中在乌兰镇、棋盘井、蒙西、木肯淖四个镇区，其中蒙授小学集中在乌兰镇和棋盘井镇，蒙授初中集中在乌兰镇；高中全部集中在乌兰镇；职业高中集中在乌兰镇；特殊学校集中在棋盘井的办学格局。